Die Schülerprojektwerkstatt „Lindenstraße 54“ entstand 2002. Seitdem gilt die Projektwerkstatt als historisch-politische Bildungseinrichtung der Gedenkstätte Lindenstraße und wurde von der Gedenkstättenlehrerin Cathrin Eich koordiniert.
Seit 2007 unterstützt der Verein zur Förderung der Projektwerkstatt „Lindenstraße 54“ e.V. die Schülerprojektwerkstatt ehrenamtlich. Der Verein fördert insbesondere die Bildungsarbeit der Projektwerkstatt mit Zeitzeuginnen und Zeitzeugen und die Begegnung mit Schulklassen. Auf diese Weise wurden im Laufe der Jahre zahlreiche Schulprojekte und Veranstaltungen organisiert.
Seit Mai 2023 wird die Projektwerkstatt vom Bildungsreferenten Karsten Conaert koordiniert und ist integrierter Bestandteil der Bildungsabteilung der Stiftung Gedenkstätte Lindenstraße.
Die Arbeit der Projektwerkstatt wird ermöglicht durch die Förderung des Ministeriums für Bildung, Jugend und Sport des Landes Brandenburg.