In den 1980er Jahren begannen immer mehr DDR-Bürger die Missstände in ihrem Land offen zu kritisieren. Die von Michael Gorbatschow in der Sowjetunion eingeleiteten Reformen weckten auch in der DDR Hoffnung auf Veränderungen. Die Menschen gründeten Bürgerinitiativen und traten für demokratische Grundrechte und Reisefreiheit, für Abrüstung und Umweltschutz ein. In Potsdam entstanden verschiedene unabhängige Gruppen, wie der Babelsberger Friedenskreis, die Arbeitsgemeinschaft Umweltschutz und Stadtgestaltung (ARGUS), das Neue Forum, Demokratie Jetzt, Demokratischer Aufbruch, die Vereinigte Linke und mit der SDP, der »Sozialdemokratischen Partei in der DDR«, sogar eine Partei, die das Machtmonopol der SED in Frage stellte.
Am 4. Oktober 1989 präsentierte das Neue Forum seine Forderungen in der Friedrichskirche in Potsdam-Babelsberg. Einer der Erstunterzeichner war Rudolf Tschäpe. Am 40. Jahrestag der DDR, am 7. Oktober 1989, demonstrierten mehr als 2.000 Potsdamerinnen und Potsdamer friedlich in der Innenstadt. Als sich die Demonstration auflöste, griff die Volkspolizei ein und verhaftete mehr als 100 Demonstranten. Doch die Protestbewegung ließ sich nicht mehr aufhalten: Am 4. November kamen Tausende Menschen auf dem Luisenplatz zusammen. Nur fünf Tage später, am 9. November, fiel die Berliner Mauer. Die Glienicker Brücke, die jahrzehntelang ein Symbol der deutschen Teilung gewesen war, wurde am 10. November als Grenzübergang geöffnet.
Nach dem Mauerfall kam es zu einer massiven Ausreisewelle, die Proteste und Demonstrationen hielten an. Die kommunistischen Herrschaftsstrukturen zerfielen innerhalb weniger Wochen. Diese Umbruchszeit nutzten die Mitarbeiter des Ministeriums für Staatssicherheit, mittlerweile in Amt für Nationale Sicherheit umbenannt, für die Vernichtung von Akten. Als Bürgerrechtler davon erfuhren, bildeten sie Bürgerkomitees: Sie besetzten im Dezember 1989 und Januar 1990 die Stasi-Zentralen im ganzen Land. In Potsdam besetzten Bürgerrechtler am 5. Dezember die MfS-Bezirksverwaltung in der Hegelallee und stoppten die Aktenvernichtung. Am Abend forderte ein Bürgerkomitee auch Zugang zur Stasi-Untersuchungshaftanstalt Lindenstraße und überzeugte sich davon, dass alle politischen Häftlinge entlassen worden waren.
Zum Jahreswechsel 1989/1990 gab das Ministerium für Staatssicherheit das Areal Lindenstraße an die Stadt Potsdam zurück. Im Januar 1990 stimmte der Rat der Stadt zu, dass Bürgerinitiativen und oppositionelle Gruppen wie das Neue Forum und die SDP, die Räume der Lindenstraße 54/55 nutzen können. Büros wurden eingerichtet und Bürgersprechstunden eingeführt – aus dem Gefängnis wurde ein »Haus der Demokratie«, eine Anlaufstelle für Bürgerinnen und Bürger, die sich informieren und engagieren wollten.
Am 20. Januar 1990 öffneten die Bürgerinitiativen das Tor der Lindenstraße 54/55 erstmals für die Öffentlichkeit. Das Interesse der Potsdamer Stadtgesellschaft an dem ehemaligen Stasi-Gefängnis und der Geschichte des Ortes war außerordentlich groß. Noch bis zum Frühsommer 1990 fanden regelmäßig Führungen durch den Zellentrakt statt und ehemalige Häftlinge berichteten hier von den Erfahrungen ihrer Haft. Danach wurde der Zellentrakt für den allgemeinen Besucherverkehr geschlossen. Auf Anfrage ermöglichte das Potsdam Museum ehemaligen Häftlingen und ihren Familien sowie Interessierten weiterhin die Besichtigung des ehemaligen Gefängnisses.
Nachdem im Sommer 1990 die Bürgerinitiativen und Parteien aus der Lindenstraße 54/55 auszogen, übernahm die Untere Denkmalbehörde der Stadt Potsdam das Areal.