Ab Sommer 1990 nutzte die Untere Denkmalbehörde der Stadt Potsdam das Vorderhaus als Verwaltungsgebäude und das Hafthaus mit dem Zellentrakt für die Aufbewahrung von Asservaten. Das Gebäude wurde stark überformt. Als Mitte der 1990er Jahre eine Umnutzung des gesamten Areals oder sogar der Abriss nicht mehr auszuschließen waren, gründete der Mitbegründer des Neuen Forums, Rudolf Tschäpe, gemeinsam mit Gleichgesinnten die »Fördergemeinschaft Lindenstraße 54«. Ziel des Vereins war, den ehemaligen Gerichts- und Haftkomplex für die Öffentlichkeit zu erhalten.

Auf Initiative der Fördergemeinschaft beschloss die Potsdamer Stadtverordnetenversammlung am 4. Oktober 1995, die Lindenstraße 54/55 zur Gedenkstätte zu erheben und in die Trägerschaft des Potsdam Museums zu übergeben. Erste Besucherinformationen zur Hausgeschichte wurden bereits Ende der 1990er Jahren vom Potsdam Museum aufbereitet, das Areal stand an mehreren Tagen im Monat interessierten Besuchern offen.

Im Jahr 2002 nahm die Schüler-Projektwerkstatt, finanziert durch das brandenburgische Bildungsministerium, ihre Arbeit auf und ermöglicht seitdem Unterricht am historischen Ort.

2005 legte das Zentrum für Zeithistorische Forschung Potsdam (ZZF) ein Memorandum zur Entwicklung der Gedenkstätte vor. Mit dem Auszug der Unteren Denkmalbehörde 2007 boten sich hierfür erstmalig räumliche Möglichkeiten: Der Gedenkstätte stand nun das gesamte Areal samt Vorderhaus und Zellentrakt zur Verfügung. Zwischen 2007 und 2013 realisierten das Potsdam Museum und das ZZF eine Dauerausstellung zur Geschichte der Lindenstraße 54/55, die auf einem Modulkonzept fußend die Vorgeschichte sowie die drei Verfolgungsperioden und die Zeit der Friedlichen Revolution darstellt.

Zur Vorbereitung der Trägerschaft durch eine rechtsfähige Stiftung wurde die Gedenkstätte schließlich aus dem Potsdam Museum ausgegliedert und zum 1. Januar 2012 dem Geschäftsbereich des Oberbürgermeisters zugeordnet. Die Stiftungsgründung erfolgte Ende 2015. Im Sommer 2016 nahm die Stiftung Gedenkstätte Lindenstraße ihre Arbeit auf.